No dia 24 de março de 2020, a Rádio Emboabas entrou em plantão para noticiar o primeiro caso para a Covid-19 confirmado em São João del-Rei. Uma mulher, que havia retornado de viagem internacional e estava em isolamento domiciliar. Ao longo desses dois últimos anos, foram incontáveis plantões com informações sobre a doença. A cidade passou por picos de contaminação, que determinaram o fechamento de todos os setores da economia, e logo depois, uma reabertura gradual. Com a chegada da vacina e ampliação dos públicos contemplados, a cidade vive um momento confortável se comparado a outros períodos.
A máscara não é mais obrigatória na grande maioria dos espaços, os leitos de UTI para tratamento de Covid-19 das casas de saúde estão sendo desativados pela baixa demanda, e após dois anos uma sensação de normalidade está retornando.
Mas a pandemia tem números que mostram tudo que a cidade viveu. São 17.085 casos confirmados para a doença e 265 óbitos. De acordo com o boletim epidemiológico da Secretaria Municipal de Saúde, 54% dos casos confirmados foram em mulheres. E a faixa etária com mais confirmações é a de 30 a 39 anos, com 21% dos casos registrados. Seguido de jovens de 20 a 29 anos.
O bairro da cidade com mais casos registrados é o do Tijuco, com 14,4% dos casos totais de São João del-Rei. Tijuco é também o bairro com mais mortes registradas, 48, o que corresponde a 18% dos óbitos registrados na cidade. No entanto, Tijuco atualmente não tem nenhum caso ativo para a doença. O segundo bairro com mais registros de casos e óbitos é o de Matosinhos com 2342 casos confirmados, sendo que 37 pessoas não resistiram às complicações da doença e faleceram.
São João del-Rei que chegou a ficar por 72 horas sem registros da doença na última semana, segue com 30 casos ativos para a Covi-19. A cidade continua com a campanha de vacinação contra a covid-19 e busca ampliar a cobertura vacinal em 3° dose para todos os adultos que receberam o imunizante há pelo menos quatro meses. A vacina é apontada pelos médicos e autoridades sanitárias como um dos principais motivos para o controle da pandemia.